Fen Fakültesi
1933 yılında yükseköğretim reformuyla kurulan Doğa Bilimleri Fakültesi, yurt dışından davet edilen uzmanların katılımıyla eğitim vermeye başladı. 1935 yılında rasathane, 1936 yılında ise Botanik Enstitüsü faaliyete geçmiştir. Reformdan sonra fakülte bünyesinde modern temelde astronomi, botanik, fizik, jeoloji, kimya, matematik ve zooloji bölümleri oluşturuldu. 1952 yılında jeofizik eğitimine de başlandı. Aynı yıldan itibaren Laleli yerleşkesindeki binada eğitim-öğretime devam edilmektedir. 1981 yılında çıkarılan yükseköğretim kanunu ile fakültede astronomi ve uzay bilimleri, biyoloji, fizik, matematik bölümleri kurulmuş, 2003 yılında ise moleküler biyoloji ve genetik bölümleri yeniden yapılandırılmıştır.
Fakülte bünyesinde “Matematik”, “Drama”, “Spor” vb. Öğrenci dernekleri var Doğa Bilimleri Fakültesi, uluslararası ölçekte dünyanın en büyük yüksek enerji fiziği laboratuvarı olan Avrupa Nükleer Araştırma Örgütü'nde yürütülen 4 önemli araştırmada Türkiye'yi temsil etmektedir.
Edebiyat Fakültesi

İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi
Darülfünun döneminde başlayan edebiyat eğitimi, 1900 yılında sistematize edilerek Edebiyat Fakültesi bünyesinde verilmeye başlandı. 1911 yılında bilimsel yapısı yeni uzmanlıklarla zenginleştirilen fakülteye "Ulum-i Edebiye Fakültesi" adı verilmeye başlandı. Türkiye Cumhuriyeti'nin ilk yıllarında bilim kadrosuna Alman akademisyenlerin katılması, fakültede yeni metodolojik temellere dayalı eğitimin başlangıcı olmuştur. 1933 yılında yükseköğretim reformu ile yeniden inşa edilen fakülte, modern temelde eğitime devam etmiştir.
Laleli yerleşkesinde yer alan Edebiyat Fakültesi, geçtiğimiz yüzyılın 50'li yıllarından bu yana Türk edebiyatına pek çok kişilik yetiştirdi. Fakülte bünyesinde şu anda 8 araştırma merkezi bulunmaktadır. Burada Türk dili ve edebiyatı, doğu çalışmaları, batı dilleri ve edebiyatı gibi 15 uzmanlık alanında lisans, yüksek lisans ve doktora düzeyinde 15.000'den fazla öğrenci eğitim görmektedir. Akademik kadroda 109 profesör ve 72 doçent bulunmaktadır. Ayrıca fakülte bünyesinde 29 adet bilimsel ve gazetecilik dergisi yayınlanmaktadır.
Ulaştırma ve Lojistik Fakültesi
1999 yılında "Uluslararası Nakliyeciler Derneği", ulaştırma ve lojistik alanlarında kaliteli insan kaynağının yetiştirilmesi için İstanbul Üniversitesi Rektörlüğüne açık çağrıda bulundu. Üniversitenin yönetim kurulu bunu dikkate alarak o yıl "Ulaştırma ve Lojistik Yüksekokulu"nu oluşturarak öğrenci kabul etmeye başladı. 2014 yılında akredite olan kolej, lojistik ve ulaştırma alanında Türkiye'de rakipsiz bir yükseköğretim kurumu haline gelmiş ve 2015 yılında fakülte olmuştur.
Fakültede İngilizce ve Türkçe dillerinde 2 lisans, 3 yüksek lisans ve 2 doktora programı sunulmaktadır. Ayrıca Ulaştırma ve Lojistik Fakültesi'nde "Lojistik" ve "Kültür" ile "Mezunlar Platformu" adlı 2 öğrenci-bilim topluluğu faaliyet göstermektedir.
Su Bilimleri Fakültesi
1951 yılında İstanbul Üniversitesi bünyesinde Hidrobiyoloji Araştırma Enstitüsü kuruldu. Kurum, 1982 yılına kadar hem iç sularda hem de denizlerde çok sayıda önemli hidro-araştırmalar gerçekleştirdi. Bu açıdan bakıldığında 1982 yılında kurulan ve 1984 yılında öğrenci almaya başlayan İstanbul Üniversitesi "Su Bilimleri Yüksekokulu" söz konusu kurumun devamı olarak kabul edilmektedir. Zaman geçtikçe araştırmaların ölçeği genişledikçe bilimsel birimin fakülte düzeyinde faaliyet göstermesi ihtiyacı ortaya çıktı. Böylece söz konusu yüksekokul 1992 yılında fakülte olmuş, 2017 yılında çıkarılan kanunla adı "Su Bilimleri Fakültesi" olmuştur.
Halen fakültede 1 lisans, 6 yüksek lisans ve 6 doktora alanında 350 lisans, 64 yüksek lisans ve 47 doktora öğrencisi eğitim görmektedir. Öğrencilerin 13'ü yabancıdır. Su Bilimleri Fakültesi envanterinde "Yunus S" isimli araştırma gemisi bulunmaktadır. Fakültenin Gökçeada ve Sapanca yakınlarında araştırma merkezleri bulunmaktadır.